La visita nella basilica di San Clemente parte dalla splendida chiesa costruita alla fine dell’XI secolo per volere del cardinale Anastasio, nella quale possiamo ammirare il bellissimo mosaico absidale con la croce arbor vitae, la schola cantorum marmorea e la cappella di Santa Caterina, decorata da affreschi di Masolino da Panicale (1428-1431). Scendendo sotto la basilica si possono ammirare le strutture della precedente chiesa di IV secolo, con ampie porzioni di affreschi altomedievali recanti le storie di Sant’Alessio e San Clemente, tra i quali quello famosissimo con una delle prime testimonianze in lingua italiana. Scendendo ancora, si giunge al livello di due edifici, databili al periodo successivo al grande incendio neroniano del 64 d.C. Una delle costruzioni a partire dalla seconda metà del III secolo ospitò anche un santuario dedicato al dio Mitra, che fu distrutto al momento della costruzione della chiesa cristiana.
